Java, bioinformàtica i powerpc.

Per mi hi ha dues pestes a la informàtica més casolana, una és Flash i l’altra és Java. La primera em cau especialment malament perquè no aporta res de nou, només fer gràfics que emprenyen a la pantalla i que et saturen el processador quan vas a una web que se les vol donar de moderna i dinàmica. De Java podria dir el mateix, però les seves característiques multiplataforma han fet que sigui un llenguatge molt emprat darrerament a la bioinformàtica per desenvolupar eines diverses a una velocitat bastant ràpida. Malgrat tot, no em cau molt millor que la altra.

Lo de Java i multiplatafoma penso que deu ser una broma perquè si no ets del món compatible amb i386 i ets usuari de GNU/Linux, la cosa es posa difícil. Malgrat tot, gràcies a que IBM va apostar fa temps pels processadors powerpc, avui tenim clients Java per aquesta arquitectura. I si tens un producte d’Apple dels darrers anys, et toca fer el que s’indica a aquest howto per fer anar Java damunt processadors powerpc.

La meva raó per instal·lar un client Java a un iBook no és per veure xorrades a internet que es poden resoldre amb un html pelat. La raó és emprar un parell d’eines bioinformàtiques bastant útils i vistoses. Una és Jalview, és un editor de alineaments múltiples que et proporciona unes gràfiques molt intuïtives del que fas i la possibilitat de generar arbres d’homologia entre les seqüències comparades. L’altra eina és Taverna, posa a tope el processador però és una eina essencial si vols automatitzar processos per la recerca als serveis bioinformàtics disponibles via internet o via local si així ho indiques.

No hi ha molt més que contar, excepte llegir els manuals i tenir la certesa que ara per ara Java té alguna cosa per dir-nos al desenvolupament de eines bioinformàtiques. No és una solució neta, però sempre ens podem consolar pensant que així el programari més proper a l’usuari final pot evolucionar paral·lelament a la velocitat d’aparició de noves eines bioinformàtiques.