Pensaments genómics

Un dels problemes dels cursos d’estiu és que amb la calor i les hores acumulades als laboratoris d’algun soterrani d’alguna facultat, entres després de menjar en un estat semi letàrgic i dones voltes a les coses de que t’han parlat. I com que podem ser somiatruites, però hem de mirar aprop per no caure, ens toca tocar de peus a terra amb el que hi ha. Dons sí, avui toca dissertació sobre el fabulós món de la genómica i el seu paper a les nostres vides més properes.

Per començar, dir que la cosa ara per ara és com un constipat mal curat. Tu notes que allí hi ha alguna cosa però no li fas gaire cas. Fins que un dia a la secció de ciència i tecnologia dels diaris surt alguna “coseta” que salva la pell a uns milers de persones o simplement et permet saber si el fill de la tipa amb qui t’allitares ara farà un any, més o manco, és teu. Sí, sempre hem de ser pragmàtics a més d’uns herois mundials.

Ara farà uns deu anys que els gurus de la biologia molecular varen dir que fins a l’any 2015 lo del genoma humà seria ciència ficció. A l’any 2001 ja hi havia un esborrany amb un 90% de certesa, pam més o manco. Després de felicitar-nos efusivament de lo collonuts que érem, ens adonàrem que a la quantitat de dades generades els havíem de treure un partit. Era molt maco tenir la llista de nucleòtids ben ordenadets, però això de què serveix? Per res si ho deixes així. I com que per sort aquestes coses no depenen mai d’un país tan deixat com al qual ens fan viure, es varen fer coses.

Ara mateix el que és realment interessant és saber treure tot el suc a les bases de dades existents a més de fer-les créixer, però per això darrer la burocràcia universitària i empresarial ha creat la fabulosa figura del becari pre doctoral, doctoral i post doctoral; és com una metamorfosi que mai arriba a papallona. Així que lo que hauria de fer un investigador, en teoria, és lo primer. Per fer-ho hi ha bases de dades, moltes d’elles per sort ja creuades, on per mitjà d’algoritmes de similitud de seqüències i creant xarxes entre les distintes seqüències, pèptids expressats, funcions i demés coses al final pots establir relacions entre la teva seqüència desconeguda i una seqüència similar de funció ja coneguda. El resum es: “Diga’m amb qui t’aplegues o a qui t’assembles i et diré qui ets”. I per això està el nostre molt estimat BLAST. Si en voleu saber noves i us sobra una tarda per pair-ho tot, anau a ca’n BLAST.

Podria parlar i parlaré, més endavant de la relació entre aquests projectes faraònics i el software emprat. De moment cal dir que es pot fer quasi tot via internet i emprant programari lliure o al manco gratuït, que malgrat no ser el mateix pots respirar una mica i no pagar per programes que no fan el que haurien de fer. A nivell més dur de programació la paraula màgica pareix ser Perl i un paquet estil R per la feina bruta d’estadística, però això em tocarà veure-ho a un altre moment de la meva vida.

Resulta curiós, per primera vegada als meus estudis pareix que no la he cagada i he agafat un camí interessant. Es que no hi ha res més penós que un informàtic intentant entendre què és un ORF i un promotor o un biòleg davant un ordinador fent quasi el que sigui. Si puc tenir una mica o un bastant dels dos mons em puc donar per satisfet.

I au, res més. A fora estan a 36 graus amb un trist 18% d’humitat, sortir descartat. Vaig a jugar-me un Battlefield, al cap i a la fi estic de vacances…